Na terenie Świętokrzyskiego Parku Narodowego wyróżniono 29 zbiorowisk roślinnych, w tym 23 w randze zespołu. Tak znaczne zróżnicowanie jest rezultatem naturalnej zmienności siedlisk w tym regionie.
Spośród zbiorowisk leśnych o charakterze naturalnym największe powierzchnie zajmują: wyżynny jodłowy bór mieszany (Abietetum polonicum Dziub. 1928) Br.-Bl. et Vlieg. 1939) i buczyna karpacka (Dentario glandulosae-Fagetum Kozł. 1925 em. Mat. et Pol. 1955). Ich występowanie związane jest przede wszystkim z głównym Pasmem Łysogór. Wymienić tu należy także środkowopolski bór mieszany (Pino-Quercetum Kozł. 1925 em. Mat. et Pol. 1955). Swoistą ciekawostką jest zespół jarzębiny świętokrzyskiej (Sorbetum sanctae-crucianum Wolak i in. 1972).
Wyżynny jodłowy bór mieszany jest asocjacją szeroko rozprzestrzenioną w Górach Świętokrzyskich. Największe powierzchnie zajmuje w Paśmie Łysogórskim, Klonowskim i Dolinie Wilkowskiej, oraz w Paśmie Bielińskim i Jeleniowskim. Na terenie ŚPN nie jest zbiorowiskiem jednorodnym. Różnice ekologiczne i florystyczne pozwalają wyróżnić w obrębie tego zespołu trzy warianty:
- wariant typowy; jest najbardziej cienistą postacią zespołu, ze słabo wykształconą warstwą krzewów i runa,
- wariant paprociowy (z Dryopteris dilatata); występuje tylko w szczytowych partiach Łysogór, odrębność florystyczną tego wariantu wyznaczają paprocie: narecznica szerokolistna, zachyłki trójkątna i oszczepowata oraz wątrobowiec Plagiochila asplenioides,
- wariant z jeżyną gruczołowatą (Rubus hirtus); Jest szeroko rozpowszechniony w Świętokrzyskim Parku Narodowym. Jego płaty rozwijają się zwłaszcza tam, gdzie drzewostany jodłowe zostały przerzedzone na skutek przerębu lub usunięcia posuszu powstałego w wyniku gradacji zwójek jodłowych.
Buczyna karpacka. Większe płaty tego zespołu zlokalizowane są na północnych i południowych stokach Pasma Łysogórskiego, na terenie Obwodów Ochronnych: Św. Krzyż, Jastrzębi Dół, Św. Katarzyna oraz Chełmowa Góra. Zespół ten rozwija się przeważnie na spłaszczeniach stoków i w dolinach cieków,
gdzie gromadzą się spływy mineralne i organiczne z wyższych partii, co powoduje lokalne użyźnienie siedliska. Jednak ubogie podłoże skalne sprawia, że namywany materiał jest przeważnie ubogi w składniki mineralne i w dodatku kwaśny.
Środkowopolski bór mieszany jest trzecim co do wielkości zajmowanej powierzchni zespołem leśnym ŚPN. Spotkamy go w Dolinie Wilkowskiej, na Górach: Psarskiej, Miejskiej, Chełmowej, w uroczysku Serwis, w Obwodach Ochronnych: Dąbrowa, Św. Katarzyna. Zajmuje tereny płaskie lub nieco wzniesione w stosunku do otoczenia, z wodą gruntową przeważnie zalegającą na znacznej głębokości. Siedliska te mają gleby brunatne i płowe.
Regionalny zespół jarzębiny świętokrzyskiej rozwija się na obrzeżach większych gołoborzy Pasma Łysogórskiego. Powstaje w tych miejscach, gdzie pomiędzy blokowiskiem kwarcytów kumuluje się próchnica zawieszona (powstała z porostów, mszaków, liści Vaccinium myrtillus oraz liści drzew) w odległości nie mniejszej niż 0,5 m od podłoża mineralnego. Jest to próchnica bardzo kwaśna i uboga w składniki mineralne. Na niej kiełkuje jarząb pospolity (Sorbus aucuparia) oraz świerk, jodła, niekiedy drzewa liściaste. W takich warunkach ekologicznych jedynie system korzeniowy jarzębiny przesuwa się przez wolną przestrzeń i dociera do podłoża mineralnego, w którym się ukorzenia. Zapewnia to dobry wzrost temu gatunkowi, który może wyrastać w drzewo. Inne drzewa giną w momencie, gdy ich system korzeniowy dotrze do wolnej przestrzeni, głównie na skutek niedoboru wody. Jarzębina świetokrzyska jest zbiorowiskiem ubogim florystycznie i skrajnie acidofilnym.
Pozostałe zespoły leśne to: łęg olszowy (Circaeo-Alnetum Oberd 1953), grąd subkontynentalny (Tilio-Carpinetum Traczyk 1962), bór bagienny (Vaccinio uliginosi-Pinetum Kleist 1929, Kobendza 1933) i wilgotny bór trzcinnikowy (Calamagrostio villosae-Pinetum Staszkiewicz 1958).
Wśród mokrych i wilgotnych łąk (m.in. w Dolinie Czarnej Wody) wykształcają się zarośla łozowe (Salici-Franguletum Malc. 1929, Tx. 1937). Nieliczne zespoły szuwarowe tworzą szuwar trzcinowy (Scirpo-Phragmitetum Koch 1926), szuwar skrzypowy
(Equisetetum limosi Steffen 1931), szuwar turzycy dzióbkowatej (Caricetum rostratae Rubel 1912), szuwar turzycy pęcherzykowatej (Caricetum vesicariae Br.-Bl. et Denis 1926), szuwar turzycy zaostrzonej (Caricetum gracilis (Graebn. et Hueck 1931) R. Tx. 1937), i zespół mozgi trzcinowatej (Phalaridetum arundinaceae Libb. 1931).
Młaki niskoturzycowe reprezentowane są przez młakę turzycowo-mietlicową (Carici canescentis-Agrostidetum caninae R. Tx. 1937) i zespół turzycy Davalla (Caricetum davallianae Dutoit 1924 em. Gors 1963).
Łąki wilgotne i świeże stanowią zbiorowiska łąki sitowo-trzęślicowej (Junco-Molinietum Prsg. 1951), łąki ostrożeniowej (Cirsietum rivularis Ralski 1931), żyznej łąki rajgrasowej (Arrhenatheretum medioeuropaeum (Br.-Bl. 1919) Oberd. 1952) oraz zespół życicy trwałej i grzebienicy pospolitej (Lolio-Cynosuretum R. Tx. 1937). Do zbiorowisk antropogenicznych spotykanych w Parku należy zespół psiary (Nardo-Juncetum squarrosi (Nordh. 1920) Buk 1942).